Фамилия Усинцев образована по редкой для русского ономастикона модели — с помощью суффикса -ев от прозвища Усинец. Если бы в основе лежало имя или прозвище, оканчивающееся на твёрдый согласный (например, Ус), мы бы получили фамилию Усов. Здесь же суффикс -ин- указывает на принадлежность к определённой группе людей: «усинец» — человек, имеющий отношение к чему-то, названному словом «ус» или «Уса». Чаще всего так называли выходца из местности с названием Усы — например, реки Уса (приток Печоры, Енисея или Волги) или села Усы. В таком случае Усинцев — это потомок того, кто пришёл «с Усы», то есть «усинский» человек.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище Усинец с внешностью: обладатель длинных, заметных усов мог получить кличку Ус, а его сына или односельчанина звали Усинец — «усовый, усатый». Однако для такого значения обычнее фамилии Усов, Усачёв, Усенко. Суффикс -ец в прозвищах чаще маркирует географическое происхождение (ср. тверец, волжанин, уралец), поэтому версия с рекой или селом выглядит убедительнее.

Фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Приуралье — в Архангельской, Вологодской областях, в Пермском крае и на Урале. Эта география подтверждает связь с гидронимом Уса: реки с таким названием текут именно в этих краях. В переписных книгах XVII века упоминаются крестьяне Усинцы в Сольвычегодском уезде — вероятно, это прямые предки современных носителей фамилии.

Интересно, что фамилия Усинцев не имеет ничего общего с именем Устин (от лат. Justinus — «справедливый»). Устиновы и Усинцевы — разные роды, хотя на слух их путают. Усинцев — редкая фамилия, не входящая в сотни самых распространённых, что лишь подтверждает её узкую локальную привязку к конкретным речным прозвищам.