Фамилия Вагурины — редкий пример, где в основе могут пересечься сразу несколько линий: географическая, профессиональная и даже лично-именная. Самая вероятная версия отталкивается от прозвища Вагура, которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «вага». В разных говорах у него разный смысл: в одних — «весы, тяжесть» (отсюда прозвище весовщика или грузного человека), в других — «важный, степенный». Но куда интереснее северные диалекты: в архангельском и вологодском «вага» — шалун и весельчак, а в ярославском — грубоватый лентяй. То есть прозвище могло закрепиться за человеком с ярким, неспокойным нравом.

Не стоит сбрасывать со счетов и топонимику. Река Вага — крупный приток Северной Двины. Житель на её берегах легко получал прозвище Вагура, а за ним и фамилию. Такая привязка к месту — распространённый способ образования русских фамилий, особенно на Русском Севере.

Третья версия, менее очевидная, но не лишённая оснований, выводит Вагуру из редкого канонического имени Евагрий (греч. «счастливый на охоте»). Вага в этом случае — простонародная сокращённая форма, как, скажем, Вася от Василий. Если это так, то фамилия Вагурины — один из немногих следов этого почти забытого имени в русской ономастике.

Фамилия образована по стандартной модели с патронимическим суффиксом -ин, который в русском языке обычно присоединяется к основам на -а/-я. То есть Вагурин — буквально «сын Вагуры». Временные рамки возникновения фамилии размыты, но суффикс -ин указывает на то, что процесс шёл не позднее XVII–XVIII веков, когда такая модель была особенно активна в центральных и северных областях России.