Фамилия Вахновицкий — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка первична, а прозвищная основа — вторична. Её выдает суффикс -ицк-, характерный для польской и западнорусской традиции образования фамилий от названий населенных пунктов. Вахновицкий — это человек родом из Вахновки или Вахновичей. Такие топонимы встречаются на территории бывшей Речи Посполитой: например, село Вахновка в Винницкой области Украины или Вахновичи в Беларуси. Корень здесь — личное имя Вахно, которое, в свою очередь, является народной формой крестильного имени Варфоломей (из арамейского «сын вспаханной земли») или, реже, Вакх (в честь античного бога виноделия). В русском и украинском просторечии имя Варфоломей сокращали до Вахромей, а затем и до Вахно — так же, как Тимофей превращался в Тимоху.

Модель образования проста: название села (Вахновка) → указание на выходца оттуда (Вахновецкий) → со временем фамилия закрепилась в форме Вахновицкий. Суффикс -ицк- вместо ожидаемого -овск- или -евск- выдает влияние польской ономастической традиции: в польском языке патронимические и топонимические фамилии на -icki/-цкий широко распространены. Поэтому носитель фамилии Вахновицкий с высокой вероятностью имел предков из шляхетской или мещанской среды западных губерний Российской империи — Подольской, Волынской, Киевской.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России получали крестьяне и духовенство, фамилии на -цкий в XVIII-XIX веках чаще носили мелкопоместные дворяне или городские жители, чья фамилия фиксировалась по месту владения или рождения. Спорных версий у Вахновицкого немного: попытки вывести корень напрямую от «вахна» (диалектное название рыбы или неопрятного человека) маловероятны, так как суффикс -ицк- в таком случае был бы неестественным — фамилия звучала бы как Вахнин или Вахнов. География снова перевешивает прозвищную этимологию.

Встречаемость фамилии низкая, она не входит в списки массовых русских фамилий, но сохранилась у потомков выходцев с Украины и Беларуси, в том числе в еврейской среде (где фамилии на -цкий также встречались как искусственные, присвоенные по названию местечка). Точное сословие предков конкретного Вахновицкого без генеалогического исследования не определить, но логичнее всего искать корни в западнорусском мелкопоместном или мещанском роде, связанном с одним из сел Вахновка.