Фамилия Вакилов образована от мужского имени Вакил. В переводе с арабского оно означает «уполномоченный, поверенный» или, по другой версии, «тот, кто достойно выполняет любую миссию». Называя так сына, родители желали ему вырасти надёжным человеком, которому можно доверить даже самую сложную работу. Фамилия строится по простой и распространённой модели: к восточному имени добавляется русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Вакила»). Так тюркские и кавказские народы, входившие в состав Российской империи, часто оформляли свои родовые имена по русскому образцу.

Есть и вторая версия происхождения. Основой могло послужить имя Акил (в переводе с арабского — «мудрый, разумный»). В результате фонетических процессов в некоторых диалектах начальный звук мог перейти в «в», и имя Акил приобрело форму Вакил. В этом случае значение фамилии связано с пожеланием ума и мудрости. Обе версии не противоречат друг другу: и Вакил, и Акил — арабские имена с положительной семантикой, и в бытовой речи они могли смешиваться.

С точки зрения географии фамилия Вакилов встречается преимущественно у татар, башкир и народов Северного Кавказа. Встречаются и однокоренные фамилии — Вакилев, Вакильев, образованные от той же основы, но с разными суффиксами. Учитывая, что имя Вакил — одно из 99 имён Аллаха (аль-Вакиль), фамилия могла возникнуть и в среде мусульманского духовенства, но прямых указаний на сословную принадлежность носителей нет.