Фамилия Вакильев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а социальный статус. Её ядро — арабское слово «вакиль» (وكيل), которое означает «уполномоченный», «доверенное лицо», «представитель». В мусульманском мире так называли человека, действующего по поручению: управляющего делами, поверенного в торговле или суде, а нередко и посредника между владельцем земли и крестьянами. Через тюркские языки (татарский, башкирский) слово «вакиль» вошло в обиход народов Поволжья и Приуралья, где и сформировалась фамилия.

С точки зрения словообразования — это типичная русская модель: к основе «Вакиль» добавили притяжательный суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вакиля). Фамилия возникла в среде крещёных татар, башкир или других тюркоязычных групп, принявших православие. В метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировали у крестьян и мещан Казанской, Уфимской и Оренбургской губерний — именно там имя Вакиль встречалось чаще всего.

Интересно, что в исламской традиции «вакиль» — ещё и одно из имён Аллаха (аль-Вакиль, «Попечитель»), но в качестве личного имени его давали мальчикам скорее в бытовом, «человеческом» смысле: как пожелание стать надёжным, ответственным человеком. Поэтому фамилия Вакильев не имеет отношения к духовному сану — это память о предке, который был либо уважаемым доверенным лицом в своей общине, либо просто носил имя, отражающее эту роль.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Вакиль не было массовым даже в мусульманской среде, а после крещения фамилия закрепилась лишь в нескольких семьях. Встречаются варианты написания с одной «л» (Вакилев) — это результат упрощения на письме, но исходная форма с удвоенной «ль» точнее передаёт арабский корень.