Фамилия Вакунова образована от прозвища Вакун, которое восходит к украинскому слову «вакувати» - «оставаться необработанным (о земле); быть незаполненным; не использоваться»; «расточать, тратить попусту время». Согласно этому, можно предположить, что основатель рода Вакуновых был крестьянином, который не занимался возделыванием земли. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вакун, со временем получил фамилию Вакунова.