Фамилия Вакунова — женская форма от Вакунов, а та, в свою очередь, от прозвища Вакун. В основе прозвища лежит украинский глагол «вакувати». У этого слова несколько значений: «оставаться необработанным (о земле)», «быть незаполненным, пустовать», а также «расточать, тратить попусту время». Если исходить из первого значения, прозвище Вакун мог получить крестьянин, который не обрабатывал свою землю или забросил хозяйство. Не обязательно по лени — возможно, из-за болезни, неурожая или иных причин. Второй оттенок — «пустовать, быть незаполненным» — мог относиться к человеку праздному или, напротив, к тому, кто жил одиноко, «пустым» домом.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ун образует имя деятеля или носителя признака (ср. бегун, говорун), а фамильный суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Вакунов — сын или потомок Вакуна. Форма Вакунова, соответственно, означает «принадлежащая роду Вакуновых» или «дочь/жена Вакунова».

Фамилия встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, что подтверждает её южнославянские корни. В старых переписях и писцовых книгах XVII–XVIII веков можно найти носителей прозвища Вакун в слобожанских и черниговских землях. Интересно, что в некоторых говорах «вакувати» имело и более узкое значение — «не работать в поле, а заниматься мелкой торговлей или ремеслом на стороне». Так что предок Вакуновых мог быть не бездельником, а отходником — человеком, уходившим на заработки и потому не пахавшим свой надел. Эта версия менее известна, но правдоподобна в контексте истории русского крестьянства.

В отличие от многих фамилий на -ов, у которых основа — личное имя (Иван — Иванов), здесь основа — прозвище, причём не отвлечённое, а бытовое, с конкретным хозяйственным подтекстом. Это роднит Вакуновых с фамилиями Лодырев, Гуляев, Пустовалов — тоже образованными от прозвищ, описывающих образ жизни или род занятий.