Фамилия Вакунов — редкий пример, когда прозвище могло закрепиться за человеком с явно нелестной характеристикой. В её основе лежит украинский глагол «вакувати», который означает «оставаться необработанным (о земле)», «быть незаполненным» или «тратить время попусту». Отсюда и прозвище Вакун — так могли назвать нерадивого крестьянина, который запускал пашню, не возделывал надел или просто ленился. В крестьянской среде, где труд на земле был главным мерилом ценности человека, такое прозвище звучало как приговор.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Вакун добавили патронимический суффикс -ов. Буквально Вакунов означает «сын Вакуна» или «потомок того, кого звали Вакун». Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в великорусской среде, хотя само прозвище явно имеет украинские корни. Это нередкий случай: южнорусские говоры и малороссийское влияние оставили след в фамилиях жителей южных и центральных губерний России.

В ономастике фамилия Вакунов стоит в одном ряду с однокоренными Вакуленко, Вакулин, Вакулов. Все они восходят к той же основе, но различаются суффиксами, которые указывают на регион и способ образования. Вакунов — самая «русская» по форме версия, тогда как Вакуленко — типично украинская.

В словарях фамилия нечастотна. Она не упоминается в фундаментальных трудах Б. Унбегауна или В. Никонова как отдельная статья, но её разбор логично вытекает из анализа глагольных прозвищ на -ун. Такие прозвища (Болтун, Молчун, Говорун) обычно давали по характерной черте поведения, и Вакун — не исключение, только черта здесь не голос, а отношение к труду.

Кем был первый Вакунов? Скорее всего, крестьянином, за которым закрепилась дурная слава лентяя или бесхозяйственного хозяина. Но не исключён и другой оттенок: «вакувати» могло означать «пустовать, быть незанятым», и прозвище могли дать человеку праздному, без определённого занятия. В любом случае, фамилия несёт в себе память о социальной оценке — неодобрении праздности в среде, где каждый день работы на земле был вопросом выживания.