Фамилия Вокунов — редкий пример, где корень угадывается не сразу. На слух она напоминает «вокун» или «вакун», но в русских говорах такого слова нет. Разгадка лежит в диалектной фонетике: в северных и сибирских говорах «о» и «а» в безударной позиции могли звучать одинаково, а буква «в» нередко прирастала к началу слова. Скорее всего, основа фамилии — «окун» (рыба), и Вокунов — это тот же Окунев, но с протетическим «в». В старых документах встречаются написания «Вокунев» и «Окунев» у одних и тех же лиц, что подтверждает эту версию.

По словообразовательной модели это типичная патронимическая фамилия на -ов: от прозвища Вокун (или Окун) — «сын Вокуна». Прозвище Окунь в Древней Руси давали не только рыбакам, но и людям с узкими глазами, вертлявым или юрким характером — по аналогии с поведением рыбы. В словаре древнерусских прозвищ С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Окун (XV век), а в писцовых книгах XVI века встречаются Окуневы в Новгородской земле и на Вятке. Вокуновы, вероятно, ответвление того же гнезда, закрепившееся в районах с «окающим» говором — например, в Вологодской или Архангельской губерниях.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от глагола «вокунять» — в некоторых рязанских говорах это означало «засыпать, клевать носом». Тогда Вокунов — потомок человека, которого дразнили соней или квелым. Но эта гипотеза слабая: глагол редкий и локальный, а рыбацкое прозвище встречается повсеместно. Спорных омонимов у фамилии почти нет, что делает её прозрачной для этимолога, но неочевидной для носителя.

Географически Вокуновы рассеяны тонко: чаще всего встречаются в Кировской области, Пермском крае и на Урале. В XIX веке фамилия фиксировалась среди государственных крестьян и мещан, то есть предки не принадлежали ни к дворянству, ни к духовенству. Сословного барьера для фамилии не было — просто рыбацкое или бытовое прозвище, ставшее родовым именем.