Фамилия Вокунова — женская форма, образованная от мужской Вокунов. Её основа, Вокун, с высокой вероятностью является прозвищем или дохристианским именем. В русских говорах слово «вокун» или «вокуня» могло означать крикуна, плаксу или человека с громким, резким голосом. В словаре Владимира Даля «вокуня» — это плакса, рева, тот, кто постоянно ноет или кричит. Прозвища по голосу и манере говорить были распространены на Руси: человек, получивший такое имя, мог выделяться либо голосистостью, либо привычкой жаловаться. Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность («сын Вокуна»). Вокуновы — дети или потомки человека по прозвищу Вокун. Окончание -а в женской форме Вокунова указывает на то, что носительница — женщина (жена или дочь Вокунова).

По географии фамилия редкая. Основные упоминания Вокуновых встречаются в документах по Нижегородской области и Поволжью. Встречаются также варианты с другим ударением — Вокунова (на первый слог) и Вокунова (на второй), что может указывать на разные диалектные традиции произношения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «вокунь» в значении «рыба» (некоторые виды окуня или вьюна). Однако в этом случае фамилия скорее всего имела бы форму Вокунин, а не Вокунов. Поэтому прозвищное происхождение от «вокуни» (плаксы) остаётся основным.

Родственные фамилии — Вокин, Воков, Вокарев — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Вокунова стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -ун, который в русских прозвищах часто придаёт оттенок действия или свойства (ср. «говорун», «крикун»).