Фамилия Воркунова — женская форма фамилии Воркунов, и её происхождение не связано с известным заполярным городом Воркута. Вопреки распространённому предположению, основа здесь не географическая, а прозвищная, и корень уходит в диалектную лексику северных и центральных губерний России.

В русских говорах слово «воркун» имело два основных значения. Первое — «ворчун», «брюзга», человек, который постоянно бормочет или выражает недовольство. Второе, более интересное, — «воркун» означало голубя, особенно самца, который издаёт характерное воркование. В этом случае прозвище могли дать не за характер, а за манеру говорить: мягко, певуче или с придыханием, словно «воркуя». Иногда воркуном называли и того, кто занимался разведением голубей — в деревнях это было распространённое увлечение.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную для XVI–XVII веков модель образования русских фамилий: прозвище Воркун → Воркуновы — «дети или люди Воркуна». Фамилия не относится к дворянским или именитым: скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди из северных и центральных областей, где диалектное слово было в ходу. Встречается она и в форме Воркунцов — с суффиксом -ец, что указывает на выходца из местности, где прозвище было особенно частым.

Интересно, что в писцовых книгах XVI века встречается фамилия Воркунов среди крестьян Вологодского уезда. Это косвенно подтверждает северное происхождение. Воркуновы не фиксируются в боярских списках или родословных книгах — фамилия оставалась в низших сословиях, что типично для прозвищ, образованных от бытовой лексики. Сегодня она редка и встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также в Сибири, куда переселенцы увозили свои родовые имена.