Фамилия Воркунков образована от прозвища Воркун. В русских говорах «воркун» — человек, который ворчит, бормочет, говорит невнятно или постоянно выражает недовольство. Слово того же корня, что и «ворковать»: изначально подражательное, звукоподражательное, но в применении к человеку приобрело переносное значение — «издавать однообразный, глухой говор». Так могли прозвать не только ворчуна, но и того, кто говорил тихо, «себе под нос», или имел привычку повторять одно и то же.

Суффикс -ов- указывает на стандартную модель русских фамилий: Воркун → Воркунов → Воркунков. Но здесь есть особенность. В большинстве случаев от прозвища на -ун (Воркун, Болтун, Молчун) образовывали фамилию напрямую с суффиксом -ов: Воркунов, Болтунов, Молчунов. Форма Воркунков (с дополнительным -к-) встречается реже и может говорить о двух вещах. Либо в основе лежало не прозвище Воркун, а уменьшительное Воркунко — так в южнорусских и украинских говорах могли назвать младшего в семье или просто того, к кому относились с пренебрежением или лаской. Либо фамилия прошла двойную переоформку: сначала от Воркун образовали патроним Воркунков (как «сын Воркуна»), а затем -ов закрепился как стандартный фамильный суффикс, вытеснив более древнюю форму.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. Встречается в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях, реже — на севере. В документах XVIII–XIX веков Воркунковы — преимущественно крестьяне и однодворцы. Сословного барьера фамилия не имела: прозвище могло закрепиться и за посадским человеком, и за крепостным.

В ономастических справочниках фамилия не относится к числу подробно описанных, но её словообразовательная модель прозрачна. Сравнение с однокоренными Воркунов, Воркун, Воркунчиков показывает, что все они восходят к одному прозвищному гнезду, и Воркунков — одна из региональных ветвей этого ряда. Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями здесь нет: основа чисто славянская, звукоподражательная.