Фамилия Воскунова — женская форма, а мужская, Воскунов, в русской традиции образована с помощью патронимического суффикса -ов. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Воскун. В русских говорах слово «воскун» или «воскунья» имело конкретное ремесленное значение: так называли того, кто варил воск, занимался бортничеством или переработкой пчелиного воска на свечи, мастики, церковные нужды. Промысел этот был распространён в лесных и северных регионах, где бортничество сохранялось дольше всего — в Вятке, Перми, на Вологодчине.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище с внешностью или характером: «воскуном» могли назвать человека бледного, желтоватого, «воскового» цвета лица, либо же медлительного, вязкого, как воск. Однако в ономастике приоритет всегда отдаётся профессиональному толкованию, если оно зафиксировано в диалектах. Фамилия не метафорическая, а прямая: предок носителя фамилии был воскобойником или торговцем воском.

С точки зрения географии, Воскуновы встречаются в основном на Русском Севере и в Поволжье — в Архангельской, Кировской, Нижегородской областях. Встречается и вариант Воскин, но суффикс -ун указывает на деятеля, что делает Воскунова более «ремесленной» по смыслу, чем просто «сын Воска». Социально это фамилия крестьянская или посадская: воск был товаром дорогим и ходовым, так что предки, скорее всего, были людьми небедными, но не дворянами. В списках служилого дворянства фамилия не зафиксирована.