Фамилия Ванькина — это «материнская» фамилия, образованная от женского имени Ванька. Но здесь есть одна особенность, которая сразу бросается в глаза: суффикс -ин, а не -ов. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего происходят от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Ванька — это уменьшительная форма от имени Иван (через форму Ваня). Однако в данном случае перед нами не просто «сын Вани», а «сын (или дочь) Ваньки». Почему так? Потому что в русских говорах, особенно на севере и в центральных областях, имя Ванька могло быть не только мужским прозвищем, но и самостоятельным женским именем или прозвищем. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии на -ин от женских имён (вроде Машкин, Дашкин, Ванькин) встречаются, хотя и реже, чем от мужских.

Если же исходить из мужской основы, то Ванькина — это форма женского рода от фамилии Ванькин, которая в XIX веке могла закрепиться за женщиной после замужества или как наследственная фамилия в семье, где главой была вдова или мать. В крестьянской среде такие фамилии часто давали детям, если отец был неизвестен или умер рано, а мать звали Ванькой (в значении «Иванова жена» или просто «Ванька» как ласкательное). Географически фамилия Ванькина сконцентрирована в Поволжье и на Урале — в переписях XVII–XVIII веков встречаются записи крестьян Ванькиных в Пермской и Вятской губерниях.

Интересно, что в основе лежит не каноническое имя, а его народная форма. Имя Иван было самым распространённым на Руси, и его производные давали огромное количество фамилий: Иванов, Ванин, Ванюшин, Ваньков. Ванькина стоит в этом ряду особняком из-за суффикса -ин, который указывает на принадлежность конкретному человеку по имени Ванька, а не на отчество. Если бы фамилия образовалась от отчества, мы бы увидели Ваньков (от Ванько) или Ванин (от Ваня). А Ванькина — это прямая связь с прозвищем или именем, которое в быту звучало как Ванька. В документах XIX века такие фамилии нередко писали с «ять» (Ванькина), но после реформы орфографии закрепился современный вариант.