Фамилия Ванькинов образована от имени Ванька — уменьшительной формы одного из самых распространённых на Руси имён Иван. В основе лежит народная, разговорная версия канонического имени Иоанн, которое пришло на Русь вместе с крещением. Ванька — это не просто уменьшительное, а скорее обиходно-бытовое, «домашнее» прозвище, которое могло закрепиться за человеком в повседневной речи и затем перейти в фамилию.

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала суффикс -к- (Ванька), затем суффикс -ин- и окончание -ов. Такая конструкция встречается реже, чем обычный патроним на -ов или -ин. Обычно фамилии на -инов образуются от имён, оканчивающихся на -ка: Петька — Петькинов, Васька — Васькинов. Ванькинов — из того же ряда. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был сыном человека по прозвищу Ванька, то есть «Ванькин сын», а со временем форма удлинилась до Ванькинов.

В отличие от фамилий вроде Иванов (от полной формы имени), Ванькинов несёт оттенок простонародности. В старину имя Ванька часто давали крестьянским детям, а в официальных документах оно могло использоваться как прозвище, отличавшее одного Ивана от другого. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, но в целом она редкая: в списках частотных русских фамилий её нет, что говорит о локальном происхождении.

Версия о связи с названием населённого пункта (например, деревни Ванькино) маловероятна, потому что сама деревня, скорее всего, названа по тому же имени. Таким образом, Ванькинов — однозначно патронимическая фамилия, образованная от неофициальной формы имени Иван, и её носители — потомки человека, которого в быту звали просто Ванька.