Фамилия Ваньковы образована от имени Ванько — одной из многочисленных уменьшительных форм канонического имени Иоанн. В русском языке от этого имени появилось множество вариантов: Ивась, Иваш, Ваня, Ванечка, Ванюта, Ванята и, наконец, Ванько. Последняя форма, с суффиксом -к-, и легла в основу фамилии. Такая модель типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе на твердый согласный, образуя притяжательное прилагательное, которое закреплялось за потомками как родовое прозвище. Имя Иоанн, в свою очередь, восходит к древнееврейскому и означает «милость Божья».

Фамилия Ваньков — не единственная в этом гнезде. Однокоренные Ваньковы, Ванечкины, Ванютины, Ваняткины — все они восходят к разным уменьшительным формам одного и того же имени. Сравнение этих фамилий показывает, насколько разнообразным было народное переосмысление церковного Иоанна. Если Ваньковы, скорее всего, пошли от западных или южных русских говоров, где форма «Ванько» встречалась чаще (сравните с украинским Ванько), то фамилии вроде Ванечкиных или Ванютиных более характерны для северных и центральных областей.

Точное место и время возникновения фамилии Ваньков установить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий, и окончательно они закрепились лишь к XIX веку. Однако сама словообразовательная модель — основа на -ко плюс фамильный суффикс -ов — указывает на то, что фамилия могла появиться не раньше XV–XVI веков, когда такие формы начали вытеснять более древние прозвища. В документах XVII века уже встречаются Ваньковы среди служилых людей и крестьян, но массовое распространение фамилия получила позже.

Интересно, что фамилия Ваньков может быть не только «именной», но и, в редких случаях, топонимической: существует несколько деревень с названием Ваньково, и жители таких сел могли получить фамилию по месту жительства. Однако для подавляющего большинства носителей верным остается объяснение от имени Ванько.