Фамилия Вардания, скорее всего, имеет адыго-абхазское происхождение и ведет свое начало от прозвища Вардан. В его основе, вероятно, лежит слово «ордане», которое в переводе с адыгейского на русский язык означает «великий, сильный, могучий». Вполне возможно, что такое прозвище родители могли дать своему сыну, желая, чтобы он рос здоровым и сильным человеком. Согласно другой гипотезе, фамилия Вардания восходит к топониму Вардане. Так в первой половине XIX века называлась часть территории приморской Убыхии от реки Хобза до водораздела между реками Дагомыс и Псахо. В таком случае можно предположить, что основатель рода Вардания родился и жил в этих местах. Не исключена также связь фамилии с армянским мужским именем Вардан, которое в переводе на русский язык означает «награда». Наконец, существует предположение, согласно которому, фамилия происходит от среднеперсидского (пехлевийского) vard(a) - «роза». Суффикс -ия указывает на влияние мегрельского языка.