Фамилия Варданя — довольно редкий для русского слуха случай, когда фамилия заканчивается на -я, но при этом не является ни польской, ни украинской. Всё дело в происхождении: перед нами русифицированная форма армянской фамилии Варданян. Если убрать русское окончание -я, получится основа Вардан — древнее армянское личное имя, восходящее к парфянскому «вард» (роза) или к имени Варданес, которое носили цари и полководцы древней Армении. В армянской ономастике суффикс -ян указывает на принадлежность к роду, то есть Варданян — «из рода Вардана». Когда носители такой фамилии оказывались в русскоязычной среде, окончание часто усекали, и Варданян превращался в Варданя — по аналогии с тем, как армянские фамилии на -янц иногда давали форму на -я.

Такое написание — не ошибка, а исторический след адаптации. В метрических книгах XIX века можно встретить обе формы: и Варданян, и Варданя, причём вторая чаще фиксировалась у тех, кто жил в смешанных регионах, например на Северном Кавказе или в южных губерниях России. Географически фамилия Варданя сегодня встречается не только в Армении, но и среди армянской диаспоры в Краснодарском крае, Ростовской области и Ставрополье.

Имя Вардан в армянской культуре настолько популярно, что фамилия Варданян стоит в первой десятке самых распространённых армянских фамилий. Но форма Варданя встречается реже, и это делает её своеобразным маркером: предки её носителя, скорее всего, перешли на русский язык ещё в XIX — начале XX века, и фамилия закрепилась в сокращённом варианте. Если ваш предок носил фамилию Варданя, он мог быть ремесленником, торговцем или крестьянином — сословной привязки у имени нет, оно было распространено во всех слоях армянского общества.