Фамилия Варданян в её исходной форме — Варданян — образована по армянской модели с патронимическим суффиксом -ян (-янц). Этот суффикс, восходящий к древнеармянскому -янц («из рода»), указывает на происхождение от предка по мужской линии. В русском языке фамилия закрепилась в родительном падеже единственного числа: Варданяна — это форма «кого?», то есть «из рода Варданяна». В бытовом общении на русском языке такую форму часто воспринимают как именительный падеж, хотя по сути это калька с армянского словообразования.

Основа фамилии — мужское личное имя Вардан. Это имя древнеиранского происхождения, связанное с авестийским «varəδa» — «дар», «подарок». В армянской традиции имя Вардан стало широко известным благодаря святому Вардану Мамиконяну, национальному герою V века, возглавившему Аварайрскую битву за христианскую веру. Таким образом, Варданян — это буквально «потомок Вардана», «сын Вардана».

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от прозвищ или профессий, армянские фамилии на -ян почти всегда патронимические. Исключения крайне редки и связаны с поздними переосмыслениями. Поэтому с высокой долей вероятности предок носителя фамилии Варданян носил личное имя Вардан, а фамилия закрепилась в определённой ветви рода, возможно, в Западной Армении или среди армянской диаспоры, где форма родительного падежа в русском языке стала привычной.

Стоит отметить, что в самой Армении фамилия обычно звучит как Варданян, без окончания -а. Форма Варданяна — это результат адаптации в русскоязычной среде, где фамилии склоняются. Если вы встретили именно такой вариант, скорее всего, он принадлежит семье, давно живущей вне Армении, либо записан в документах по правилам русской грамматики как «фамилия Варданяна» (кого?). В любом случае, корень один: имя Вардан и армянский патроним.