Фамилия Варкута — редкая и звучит не по-русски. Её основа сразу отсылает к знакомому названию города Воркута, но это совпадение, скорее всего, случайное. В русской ономастике фамилии на -ута встречаются нечасто, и их происхождение часто связано с прозвищами или диалектными словами.

Самый вероятный источник фамилии — прозвище Варкута, образованное от глагола «варкать» или «ворковать». В северных и сибирских говорах «варкать» означало «ворчать, брюзжать, говорить невнятно». Суффикс -ута в русских прозвищах придавал слову оттенок носителя признака: Варкута — тот, кто постоянно ворчит или бормочет. По такой же модели образованы фамилии Гута (от «гутарить»), Буркута (от «бурчать»). Человек с таким прозвищем мог выделяться негромкой, но назойливой речью или привычкой говорить себе под нос.

Менее убедительна, но возможна связь с коми-зырянским языком, где основа «вар» означает «лес» или «тайга», а суффикс «-кут» — «берег» или «край». Однако в коми ономастике фамилии с таким окончанием не зафиксированы, и топоним Воркута (от ненецкого «много медведей») не имеет прямого отношения к фамилии. Версия с коми корнем остаётся гипотетической, так как носители фамилии Варкута встречаются в основном в центральных и южных областях России, а не в Заполярье.

Суффикса -ев или -ов в фамилии нет — она застыла в форме чистого прозвища, без патронимического окончания. Это указывает на то, что фамилия могла быть закреплена в крестьянской среде как уличное прозвище, которое не переоформили в стандартную модель на -ов/-ин. В документах XVIII–XIX веков такие «голые» прозвища нередко попадали в официальные списки, если семья жила в глубинке или была малограмотной.

Таким образом, предок современного носителя фамилии Варкута, скорее всего, получил прозвище за манеру речи — ворчливый или неразборчиво бормочущий человек. Фамилия осталась редкой, сохранив свою архаичную форму и диалектный оттенок.