Фамилия Варкова — женская форма от Варков, а в её основе лежит прозвище или имя Варко. Чтобы понять происхождение, нужно разобраться с этим корнем, и здесь есть несколько версий, причём не все одинаково убедительны.

Самая вероятная версия — западнославянская. Имя Варко могло быть уменьшительной формой от редких канонических имён Варварий (от греческого «чужеземный») или Варахисий (Варак). Второе имя имеет еврейские корни и, по некоторым толкованиям, означает «благословенный Иисусом». Такие сокращённые формы — Варко, Вара — были типичны для народной традиции, когда полное церковное имя в быту сокращали и переделывали на свой лад.

Совсем иной смысл открывается, если смотреть на корень не через святцы, а через живые говоры. В украинском языке слово «варко» означает «душно, жарко, знойно». Вполне вероятно, что Варко — это мирское имя-оберег или прозвище, которое давали ребёнку, родившемуся в жаркую погоду. Такие «погодные» имена (по аналогии с Мороз, Зима) встречаются у славян, хоть и не так часто.

Менее убедительно выглядит связь с глаголом «варить». В русских говорах «варить» — это готовить пищу, но форма «варко» для обозначения повара нехарактерна. Обычно в таком случае появилась бы фамилия Варкин или Варников. Поэтому версия о родоначальнике-поваре хоть и возможна, но уступает двум первым по лингвистической логике.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Варко добавили патронимический суффикс -ов, что значит «сын Варка». Со временем суффикс потерял прямое значение и закрепился как фамильный. В женском варианте — Варкова — он указывает на принадлежность к роду Варковых.

География фамилии размыта: её можно встретить и в западных областях России (где сказывалось влияние польского и украинского языков), и на Севере, где «варко» в значении «жарко» тоже было в ходу. Но однозначно привязать фамилию к одному региону сложно из-за смешения возможных корней.