Фамилия Варлашкин образована от разговорной формы крестильного имени Варлаам — Варлашка. Происхождение самого имени Варлаам спорно. По одной версии, его корни лежат в халдейском языке, где оно складывается из слов со значением «сын» и «дородность, тучность». По другой, более распространённой в православной традиции, имя с арамейского переводят как «сын Божий».

В основу фамилии легла именно просторечная, обиходная форма — Варлашка. Такое образование типично для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — Варлашкин), то есть «сын Варлашки» или «человек из рода Варлашки». Полное церковное имя Варлаам давалось в честь нескольких святых — в истории христианства их известно восемь. Самый почитаемый на Руси — преподобный Варлаам Серпуховский, которому, по житию, ещё при жизни являлась Богородица. Однако в быту, в крестьянской и купеческой среде, полное имя почти всегда заменяли на более короткое и удобное — Варлашка.

Именно от этого прозвищного имени и пошла фамилия. Человек по имени Варлашка, скорее всего, был простого сословия — крестьянином или посадским. Его потомки, независимо от того, как звали их самих, закрепили за собой фамилию по прародителю. Так Варлашкины появились в разных губерниях, но особенно часто — в центральной России, где имя Варлаам было распространено среди старообрядцев.