Фамилия Варлашина образована от уменьшительно-ласкательной формы Варлаша, которая, в свою очередь, восходит к мужскому крестильному имени Варлаам. Это имя имеет сложную этимологию. Согласно одной версии, оно происходит от халдейских слов со значением «сын» и «дородность, тучность». С арамейского языка имя Варлаам переводится как «сын Божий».

В истории христианства известны восемь святых, носивших имя Варлаам. Один из них, Варлаам Серпуховский, еще при жизни имел дар чудотворения и удостоился видения Матери Божией. Имя Варлаам было нередким в среде духовенства и монашества, однако в быту, особенно среди крестьян и ремесленников, его часто сокращали до Варлаша — так было удобнее в повседневном общении.

Фамилия Варлашина образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Варлашин, то есть сын или потомок Варлаши. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я, что и произошло в данном случае. В отличие от патронимов на -ов/-ев, которые крепились к основам на согласный, фамилии на -ин чаще встречались в северных и центральных губерниях России.

Скорее всего, основатель рода Варлашиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды: в дворянских и купеческих родах чаще фиксировались полные формы имени, а уменьшительные закреплялись в простонародье. Таким образом, потомок человека по имени Варлаша со временем получил фамилию Варлашина. В современных справочниках фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в Поволжье или на Русском Севере, где традиция имён на -ша была особенно живуча.