Фамилия Варнавикиус — редкий пример литовского влияния на русскую ономастику. Её основа — литовское слово varna, то есть «ворона». В литовском языке ударение падает на первый слог, и звучит это как «ва́рна». Прозвище Варна мог получить человек с чёрными, как смоль, волосами — такая параллель с цветом оперения вороны встречается во многих культурах. Реже прозвище связывали с особенностями поведения: вороной в народе называли рассеянного или, наоборот, слишком бдительного человека.

Суффикс -икус (в литовском варианте -ičius или -avičius) — типичный для литовских фамилий, особенно в жемайтском регионе. Он выполняет ту же роль, что русское -ов или -ин: указывает на принадлежность. То есть Варнавикиус буквально означает «сын Варны» или «из рода Варны». В польской традиции такой суффикс часто превращался в -ицкий, поэтому в старых метриках можно встретить варианты вроде Варнавицкий.

Фамилия бытует в основном на территории бывшего Великого княжества Литовского — в современной Литве, западной Беларуси и юго-восточной Латвии. В России она редка и встречается там, куда в XIX–XX веках переселялись литовцы: в Сибири, на Дальнем Востоке, в Калининградской области. Интересно, что в литовском языке у этой фамилии есть и женская форма — Varnavičienė (замужняя женщина) и Varnavičiūtė (девичья), что подчёркивает её глубокие балтийские корни.

Словообразовательная модель проста: корень varn- + суффикс -avičius. В русском языке фамилия часто записывалась на слух, поэтому в дореволюционных документах можно найти написания Варнавичус или Варнавикус без «и». Однако форма на -иус закрепилась как наиболее книжная, близкая к литовской орфографии.