Фамилия Варсан — одна из тех, что заставляет задуматься: её звучание не укладывается в привычные русские модели. В ней нет типичного славянского суффикса -ов/-ев или -ин, который приклеился бы к основе, обозначающей отца или прозвище. Это сразу наводит на мысль о заимствовании или об очень редкой, возможно, искусственной основе.

Наиболее вероятное объяснение — фамилия имеет румынское или молдавское происхождение. В румынском языке слово «vârsan» (или «vârsan») означает «разливающий», «проливающий». В переносном смысле так могли назвать человека щедрого, не считающего деньги, или, напротив, неряшливого, проливающего что-либо. В Молдавии и на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области) фамилия Варсан встречается чаще, чем в остальной России, что подтверждает эту географическую привязку. Суффикс -ан в румынских фамилиях распространён (ср. Мунтян, Рошка, Барбу), он часто указывает на происхождение из определённого места или на качество.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В крымскотатарском и турецком есть слово «varsan» (варсан — «прибывающий», «доходящий»). Однако эта версия слабее, потому что фамилия почти не фиксируется в Поволжье, на Урале или в Крыму, где тюркские имена обычны. Скорее всего, если перед нами не румынский корень, то это вариант написания более известной фамилии Варсанофьев или Варсонофьев, которая происходит от канонического имени Варсонофий (греч. «сын Варсоны»). Но в таком случае фамилия потеряла бы суффикс -ев, что для русского языка нетипично — такие усечения встречаются редко и обычно в результате сильного искажения при переписи.

Таким образом, прагматичный вывод: предки носителя фамилии Варсан с большой вероятностью жили на территории исторической Молдавии или Бессарабии. Прозвище «Варсан» (разливающий) могло закрепиться за виноделом, трактирщиком или просто за человеком с широкой душой. В русских документах фамилия могла появиться в XIX веке вместе с переселенцами из этих земель.