Фамилия Варсанофьев — редкий случай, когда за основой стоит не просто церковное имя, а имя реального путешественника и писателя XV века. В основе фамилии — каноническое имя Варсонофий (в народном произношении Варсанофий). С арамейского его толкуют как «великий сын Божий». Но главное, что выделяет эту фамилию среди десятков других «сыновних» фамилий, — это личность монаха Варсонофия, киевского паломника, который в 1456, 1461 и 1462 годах ходил в Иерусалим.

Его «Хожение» стало для Руси настоящим окном в неведомый мир. Варсонофий первым из русских описал египетские пирамиды (правда, назвал их, по тогдашней христианской традиции, «житницами Иосифа»), «златоструйный Нил», крокодила («лютого зверя») и финиковую пальму. Его записки долго служили главным источником сведений об Египте. То есть человек, носивший имя Варсонофий, в глазах окружающих был не просто обладателем редкого крестильного имени, а мог ассоциироваться с этим образованным и бывалым монахом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Варсаноф(ий) добавили суффикс принадлежности -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Буквально Варсанофьев — «сын Варсанофия» или «из семьи Варсанофия». В дворянской и купеческой среде такие фамилии на -ев закреплялись уже в XV–XVI веках, как раз во времена, когда жил и писал свои «хождения» монах. Поэтому предок носителя фамилии Варсанофьев мог быть либо человеком духовного звания, либо принадлежать к состоятельному сословию, где имя Варсонофий было в ходу, а семейное прозвание успело закрепиться до массовой «фамилизации» крестьян.

Встречается фамилия редко, и её написание колебалось: можно найти варианты Варсонофьев (ближе к церковному канону) и Варсанофьев (отражающий живую народную речь, где «о» перешло в «а»). Второй вариант со временем стал основным.