Фамилия Ватажниковых отталкивается от прозвища Ватажник, а то, в свою очередь, — от слова «ватага». В современном языке ватага — это шумная, беспокойная толпа, но в Древней Руси так называли артель, товарищество, а иногда и вооружённый отряд. Соответственно, прозвище Ватажник мог получить либо атаман, старшина такой ватаги, либо просто один из её членов. Песенная строка «Ватаг молодой на коне вороном» как раз подсказывает, что слово могло означать предводителя.

Однако есть и другая, не менее убедительная версия. В курских говорах «ватага» значила «отара, стадо мелкого скота». В этом случае Ватажник — пастух, который пас овец или телят. Оба занятия — и руководство артелью, и выпас скота — были распространены в крестьянской и промысловой среде, поэтому обе версии имеют право на существование.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: сначала прозвище на -ник (Ватажник), затем притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Ватажников, то есть сын или потомок Ватажника. Суффикс -ник в прозвищах часто обозначал человека по роду занятий или по характерному признаку, что и подтверждает связь с ватагой.

Точное место возникновения фамилии назвать сложно: фамилии на -ов в центральной России складывались в XV–XVII веках, но процесс был долгим и неравномерным. Ясно одно: фамилия Ватажниковых — не книжная, не искусственная, а живая, вышедшая из народной речи и быта, и в этом её ценность как памятника языка.