Фамилия Ватажникова образована от прозвища Ватажник, а оно, в свою очередь, — от слова «ватага». В древнерусском языке ватагой называли дружную толпу, артель или товарищество. Поэтому первая и самая прямая версия: прозвище Ватажник могли дать либо члену такой артели, либо её старшине, атаману. В народных песнях встречается образ «ватага молодого», что подтверждает лидерский оттенок слова. Однако есть и другое, менее очевидное значение. В курских говорах «ватагой» называли стадо овец, телят или другого мелкого скота, то есть отару. С учётом этого прозвище Ватажник мог получить и пастух, который вёл такое стадо. Обе версии правдоподобны, и выбрать одну сложно: слишком разный социальный контекст — от атамана вольной артели до наёмного пастуха. Скорее всего, в разных регионах фамилия возникала независимо из обоих значений.

Фамилия закрепилась по типичной для русской ономастики модели: прозвище на -ник дало основу, а суффикс -ов (в женском роде -ова) указал на принадлежность потомку этого человека. Ватажникова — буквально «дочь или жена Ватажника». В мужском варианте фамилия пишется Ватажников.

В исторических документах эта фамилия встречается, хотя и нечасто. В Книге памяти Восточно-Казахстанской области есть запись о главном бухгалтере Ватажникове Казимире Павловиче, 1882 года рождения, уроженце Вятской губернии. Эта запись — ценный штрих: она показывает, что носители фамилии были и среди служащих, и среди крестьян, и что география фамилии не ограничивалась южными говорами, где бытовало слово «ватага» в значении «стадо». Вятская губерния — северный регион, что скорее склоняет чашу весов в пользу «артельной» версии происхождения прозвища.