Фамилия Ватажников образована от прозвища Ватажник. В его основе лежит слово «ватага» — дружная толпа, артель, ватага. Чаще всего так называли не просто члена товарищества, а его атамана, старшину, того, кто вёл за собой других. Эта версия находит отражение в фольклоре: в одной из песен есть строчка «Ватаг молодой на коне вороном», где ватаг — именно предводитель. Однако в курских говорах у слова «ватага» было и другое, сугубо хозяйственное значение — стадо овец, телят, мелкого скота, отара. Поэтому прозвище Ватажник мог получить и пастух, смотритель такого стада. Таким образом, основатель рода Ватажниковых мог быть либо артельным старшиной, либо человеком, пасшим скот. Потомок этого человека, обладавшего прозвищем Ватажник, со временем получил фамилию Ватажников. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Ватажников, то есть сын Ватажника. Фамилия довольно редкая, её география, скорее всего, связана с южнорусскими областями, где было распространено диалектное значение слова «ватага» как «отара».