Фамилия Ватков — один из тех случаев, где на первый взгляд очевидное значение оказывается не единственным. Если отталкиваться от звучания, проще всего предположить связь с именем Ватка — уменьшительной формой от Вячеслав, Вадим или Иван. Такая модель образования типична: основа (Ватк-) плюс суффикс принадлежности -ов, буквально «сын Ватки». Однако в русской ономастике есть и другой, более редкий вариант происхождения.

Дело в том, что слово «ватка» в некоторых южнорусских и украинских говорах означало не вату, а особый вид ткани — ватолу (грубое одеяло, попона). Прозвище Ватка могли дать ткачу, торговцу сукном или человеку, который постоянно носил грубую одежду. В этом случае фамилия Ватков — не от имени, а от прозвища по роду занятий или внешнему признаку. Спор между двумя версиями неразрешим без точной географии: если предки жили в центральных или северных областях России, вероятнее имя-основа; если же корни ведут на юг или в Белоруссию — стоит присмотреться к прозвищной версии.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян или посадских людей, а не в дворянской среде (там чаще встречались фамилии на -ский). В документах XVI–XVII веков можно было встретить запись «Василий Ватков сын» — постепенно отчество закрепилось как фамилия. Поскольку основа короткая и звонкая, фамилия не претерпела серьёзных изменений при записи, в отличие от более сложных по звучанию.

Любопытно, что фамилия Ватков встречается реже, чем однокоренные Ватолин или Ватутин. Это может говорить о том, что исходное имя или прозвище не было широко распространено, а носители сконцентрированы в определённом регионе, например в бывших Пермской или Вятской губерниях. Точных сведений о выдающихся носителях в открытых источниках нет — это типичная «тихая» фамилия, которая сохранилась в основном в сельской местности.