Фамилия Ватковский — одна из тех, чья история упирается в географию. Её основа — топоним, то есть название места, а не прозвище или профессия. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был выходцем из населённого пункта с корнем «Ватк-»: это могло быть село Ватки, деревня Ватково или Ватковка. Такие названия встречаются в западных областях России, в Беларуси и на Украине. Суффикс «-ский» в фамилиях такого типа — классический признак дворянского или шляхетского происхождения, но на практике он закрепился и за простыми людьми, переселившимися из одного места в другое: «человек из Ваток» становился Ватковским.

Корень «Ватк-» сам по себе неочевиден. Он может восходить к древнерусскому или балтскому слову, связанному с водой или низиной (сравните с литовским «vatas» — «болото»), либо к личному имени Ватко — уменьшительной форме от Ватута, Вацлава или даже Ивана (в некоторых говорах «Ватка» — вариант имени Ватька). Вторая версия менее популярна, но не исключена: если фамилия образована напрямую от прозвища, то Ватковский мог означать «сын Ватки».

В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые часто указывают на принадлежность отцу или хозяину, Ватковский — типичная «географическая» фамилия. В польской ономастике (а в Речи Посполитой такие фамилии были особенно распространены) она могла означать принадлежность к гербу или поместью. В русском контексте фамилия редкая: её носители в основном сосредоточены на северо-западе современной России и в бывших польских губерниях.

Словообразовательная модель проста: топоним Ватки + суффикс «-овский», который в русском языке пришёл из польского «-owski». Это не «-евский» и не «-инский» — конкретный суффикс указывает на то, что фамилия оформлена по польско-литовскому образцу, что сужает круг возможных предков: скорее всего, это были выходцы из земель, входивших в Великое княжество Литовское.

Споров о происхождении почти нет — основная версия ясна. Если и есть альтернативы, то они сводятся к редкому прозвищу Ватко, но для этого нет устойчивых исторических свидетельств. Фамилия не принадлежит к числу массовых, поэтому найти её в старых списках можно лишь в метрических книгах конкретных уездов.