Фамилия Ватковская — яркий пример того, как по суффиксу можно восстановить историю семьи. Окончание «-ская» (женский род от мужского «-ский») указывает на дворянское или шляхетское происхождение. В Польше, Великом княжестве Литовском и на западе будущей Российской империи такие фамилии давали по названию родового поместья. Предок-основатель владел или жил в местечке с названием вроде Ватки, Ватково или Ватков.

Корень «Ват-» в этой фамилии не так прост, как кажется. Самое прямое объяснение — отчество от прозвища Ватка. А оно, в свою очередь, могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Ват — редкой вариации имени Вадим или Варфоломей. Однако есть и другая, более приземлённая версия: в северных и центральных говорах «ватка» означала вату или нечто мягкое, пушистое. Прозвище Ватка могли дать человеку с мягким характером или за его профессию, связанную с обработкой шерсти и валянием.

Географически фамилия Ватковская тяготеет к западным регионам: Беларусь, Польша, западные области Украины. Встречается она и в России, но значительно реже, и часто — у потомков переселенцев или шляхты, перешедшей на русскую службу. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ин», которые были массовыми у крестьян, «-ский» долго сохранял сословный оттенок: носители Ватковских в XVII–XVIII веках с высокой вероятностью были мелкими землевладельцами, однодворцами или служилыми людьми «по отечеству».

В написании фамилии встречается вариант Ватковска (без «я» на конце), но полная форма с «-ая» — норма для русского литературного языка. Мужской вариант — Ватковский — в истории тоже фиксируется, но в современном употреблении женская форма нередко закрепляется как неизменяемая фамилия для всех членов семьи, что характерно для украинской и белорусской традиции.