Фамилия Ватке — один из тех случаев, когда русское окончание скрывает западное происхождение. В основе фамилии лежит имя, которое представляет собой просторечный вариант имени Вальтер. Это имя имеет германское происхождение и восходит к двум основам: wald — «правитель» и heri (hari) — «армия». Таким образом, имя Вальтер означает «правящий армией», иногда его переводят как «могущественный правитель».

На русской почве западное имя переделали в привычную форму с суффиксом -к- (как Ваня, Петя, Валя), а затем добавили фамильный формант -е. Модель с конечным -е встречается реже, чем стандартное -ов или -ин, и указывает на то, что фамилия закрепилась скорее в устном быту, чем в официальных документах. Встречается она преимущественно в регионах, где исторически жили немецкие колонисты или балтийские немцы, — Поволжье, Причерноморье, Прибалтика. Именно там имя Вальтер в форме Ватке могло войти в повседневный обиход и дать начало фамилии.

Стоит отметить, что фамилия Ватке могла возникнуть и независимо от германского имени — как прозвищное образование от диалектного глагола или существительного. В некоторых говорах «ваткать» означало «болтать, пустословить», а «ватка» — «болтун». Однако эта версия менее убедительна: германский след прослеживается чётче, особенно если учесть, что аналогичные фамилии (Ватке, Ваткин) фиксируются именно в зонах немецкого влияния.