Фамилия Вечеркин — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «вечерка». Так в старину называли вечернее собрание молодёжи, посиделки с работой и песнями. Человек мог получить это прозвище, если был завсегдатаем таких вечерок, либо, наоборот, если любил гулять допоздна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вечеркин, то есть сын или потомок Вечерки.

Есть и другая, более редкая версия. Она связывает прозвище Вечерка с библейским понятием «Тайная вечеря». В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком набожным или за тем, кто родился в канун большого церковного праздника. Однако первое объяснение — от названия вечерних посиделок — встречается в ономастике чаще и считается основным.

Модель образования типична для русских фамилий центральных и северных областей: суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я (ср. Птицын, Голицын). В случае с фамилией Вечеркин основа усечённая: от «вечерка» остаётся «вечерк-», к ней и добавляется фамильный суффикс.

Со временем прозвище Вечерка перестало употребляться самостоятельно, закрепившись в документах как фамилия. Потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию Вечеркин. Поскольку прозвище не указывало на сословную принадлежность, Вечеркины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и мелкими служилыми. Точных сведений о первых носителях фамилии в открытых источниках нет, но её корень — живой, бытовой, что говорит о глубоких народных истоках.