Фамилия Верходанова образована по модели, широко представленной у восточных, западных и южных славян: от личного прозвища. В основе лежит прозвание Верходан — сложение двух корней: «верх-» и «-дан». Первая часть указывает на положение («сверху», «над»), вторая — на глагол «дать». Прямое значение прозвища — «тот, кто даёт сверху» или «дающий с верхнего места». В переносном смысле так могли назвать человека, который занимал высокое положение в общине, раздавал указания или подачки, либо, напротив, отличался ростом и особым размахом в жестах.

По другой версии, менее вероятной, прозвище могло закрепиться за жителем верхнего конца деревни — «верхним даном», то есть человеком, которому выделили надел в верховье реки или на возвышенности. Однако в славянской ономастике модель «глагол + существительное» встречается реже, чем «существительное + глагол», и фамилия здесь скорее следует второму типу.

Суффикс -ов- в окончании указывает на принадлежность: Верходанова — «дочь или жена Верходана». Фамилия фиксируется преимущественно в северных и центральных регионах России, где были распространены составные прозвища. Встречается и вариант Верходанов — без окончания -а, что типично для мужской линии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Верховцев, Верховский, Данилов — показывает, что основа «Верходан» уникальна: она не превратилась в массовую, а осталась редкой, сохранив связь с конкретным прозвищем первого носителя. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные сложные прозвания описываются как характерные для допетровской Руси, когда именование отражало не профессию, а яркую бытовую или социальную черту человека.