Фамилия Верховень — редкий пример, когда географическое прозвище сохранилось в исходной, почти неизменной форме, а не через привычные суффиксы -ов или -ин. В основе лежит слово «верх» — и сразу две версии происхождения, обе правдоподобные.

Первая и самая прямая: «верховень» — это житель верховьев реки. В казачьей среде, особенно на Дону, было чёткое деление на «верховых» и «низовых». Выходец из станиц, расположенных выше по течению, получал прозвище Верховень. Такая модель образования фамилий без суффикса (чистая основа) характерна для украинской и южнорусской ономастики, что указывает на возможные корни носителей.

Вторая версия — социальная. «Верховнем» могли назвать человека, занимавшего высокое положение: старосту, выборного, зажиточного крестьянина. В говорах слово «верховный» означало не только «главный», но и «старший по положению». Прозвище могло закрепиться за тем, кто «верховодил» — был на вершине местной иерархии.

Словообразовательная модель проста: корень «верх-», суффикс «-овень» (как в словах «крайний» — «краёвень», «низ» — «низовень»). Такие прозвища часто становились фамилиями без дополнительных изменений — Верховень остался Верховнем.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Верховень не привязан к имени отца или роду занятий. Это редкий случай, когда фамилия прямо говорит о месте или статусе предка, минуя стандартные словообразовательные шаблоны.