Фамилия Верховникова — женская форма, а её мужской вариант Верховников — один из тех случаев, где суффикс -ов/-ев образован не от прозвища на -а/-я, а от профессионального термина. Основа здесь — «верховник». Это слово в русских говорах означало не просто того, кто «наверху», а человека с конкретной должностью: управляющего, распорядителя, старшего на работах. В некоторых регионах верховником называли главного пастуха, в других — выборного старосту, а в промысловых артелях (например, у сплавщиков леса или рыбаков) — того, кто руководил ходом работ и отвечал за порядок. Таким образом, Верховников — это не «сын верховного», а скорее «сын верховника», то есть потомок человека, которому доверяли руководящую роль в общине или артели.

Словообразовательная модель простая: к основе «верховник» добавили патронимический суффикс -ов, что типично для фамилий, возникших в XVI–XVII веках из названий должностей или занятий. Интересно, что фамилия не перешла в разряд княжеских или дворянских (в отличие от Верховских или Верховцев), а осталась в крестьянской и мещанской среде — верховников не назначали сверху, их выбирали из своих же. В переписных книгах XVII века по Северному Поволжью и Приуралью встречаются отдельные упоминания «верховников» как лиц, но фамилия Верховников закрепилась, по-видимому, в среде черносошных крестьян и посадских людей.

Спорных версий у фамилии немного. Можно было бы предположить связь с топонимом Верховье (таких сёл и деревень много), но тогда мы бы имели Верховьев или Верховского. Вариант «от имени Верховной» (как от имени Богдан) несостоятелен: такого имени в святцах нет. Единственное, что стоит проверить — не путают ли Верховниковых с Верховинцевыми (от «верховинец», житель верховья реки). Но суффикс -ник указывает именно на деятеля, а не на место жительства.

Фамилия редкая, преимущественно русская, с концентрацией в Кировской, Пермской и Нижегородской областях — как раз там, где были развиты артельный труд и выборные сельские должности. Носители фамилии, если судить по историческому контексту, скорее всего, происходят из среды грамотных крестьян-хозяйственников или ремесленников, которым община доверяла организацию работы.