Фамилия Верхутин образована от прозвища Верхута. За этим прозвищем стоит целый веер возможных значений, и чтобы разобраться в них, стоит присмотреться к корню «верх». Самое прямое объяснение — географическое: Верхутой могли прозвать человека, жившего на возвышенности, на верху села или на верхнем конце улицы (в старых русских поселениях часто различали «верхний» и «нижний» конец). Второй вариант связан с ремеслом или социальным положением: «верхута» в некоторых говорах означало верхового — либо того, кто ездит верхом, либо посыльного, гонца. Третья, менее очевидная версия отсылает к характеру: «верховодить» — значит быть заводилой, старшим, и прозвище могло закрепиться за бойким, главенствующим человеком.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и северо-востока: основа Верхут- плюс суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Верхутин», то есть сын или потомок Верхуты. Такая модель (в отличие от фамилий на -ов/-ев) чаще встречается от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а или -я.

Географически фамилия Верхутин тяготеет к Вятке и Приуралью — в старых переписях Вятской губернии и Пермской земли носители этой фамилии встречаются с XVII века. Это не случайно: именно в этих краях особенно активно бытовали прозвищные фамилии на -ин, а само слово «верх» в топонимике региона (река Верхута, деревни Верхутино) встречается нередко.

Таким образом, предок современных Верхутиных, скорее всего, жил в верховьях реки, на пригорке или просто был заметным человеком — верховодом. Прозвище закрепилось за ним как основное имя, а к XIX веку, когда фамилии стали обязательными для всех сословий, оно оформилось в фамилию Верхутин и передалось потомкам.