Фамилия Вилаков образована от прозвища Вилак. В её основе лежит диалектное слово «вилак» — так в поморских говорах называют развилку. Скорее всего, прозвище Вилак получил человек, живший на развилке дорог. Это одна из самых прямых и правдоподобных версий: она связывает фамилию с конкретным местом, что часто и давало прозвища.

Другая гипотеза отталкивается от слова «вилы» — орудия с развильем. В этом случае прозвище могло относиться к «профессиональным» именованиям: основатель рода Вилаковых мог использовать вилы в повседневной работе, например, крестьянской. Такие прозвища по орудию труда встречаются часто, но здесь важно, что связка с диалектным «вилак» делает эту версию менее очевидной.

Менее вероятно, что прозвище восходит к глаголу «вилять» в значении «хитрить, лукавить, увертываться». Тогда Вилаком называли плутоватого человека. Эта версия слабее: глагол «вилять» редко образует прозвища напрямую, а диалектная основа выглядит убедительнее.

Фамилия построена по стандартной восточнославянской модели: суффикс -ов присоединяется к основе, указывая на принадлежность («чей?»). Таким образом, потомок человека по прозвищу Вилак со временем получил фамилию Вилаков. Интересно, что фамилия эта довольно редкая — её нет в массовых списках распространённых русских фамилий, что подтверждает её локальное, поморское происхождение.