Фамилия Вилькишов — редкий случай, когда основа явно не славянская, а суффикс — типично русский, «присваивающий». Это фамилия, образованная по модели «чужое прозвище + -ов», что сразу указывает: предок носителя получил фамилию на русской земле, но его личное прозвище или имя пришло из другого языка.

Корень «Вилькиш» с большой вероятностью восходит к литовскому или польскому слову vilkas / wilk — «волк». В литовском языке vilkas — волк, а vilkiškas — «волчий». Прозвище Вилькиш или Вилькиша могли дать человеку с «волчьими» чертами характера: угрюмому, одинокому, хищному на вид. В польском варианте wilczysko — «волчище», но форма «Вилькиш» ближе именно к литовской огласовке. Учитывая, что фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье, а не в Литве, логично предположить: предок был выходцем из западных губерний (например, из бывшего Великого княжества Литовского), чьё прозвище «перевели» на русскую модель фамилии уже после переселения.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Вилькишов, то есть сын или потомок Вилькиша. Такая модель была самой массовой в России, поэтому фамилия хоть и редкая, но вписалась в систему без изменений. Обратите внимание, что ударение, скорее всего, падает на первый слог: ВИлькишов (по аналогии с Вильнюс, Вилькия), хотя в быту могли переставить на последний.

Версия о происхождении от крестильного имени маловероятна: в святцах нет ничего похожего на Вилькиша. Это именно прозвищная фамилия, и её носители — потомки человека, которого окружающие запомнили как «волка». В архивных записях XIX века фамилия фиксируется в единичных случаях, что подтверждает её локальный характер: несколько семей в Рязанской и Тамбовской губерниях. Сословно — скорее всего, крестьяне или однодворцы, поскольку фамилии на -ов от балтийских прозвищ чаще встречаются в среде, где не было массового притока дворян-иностранцев.

Сравните с однокоренными: Вильков, Вилькин, Вилькевич. Вилькишов стоит особняком — он сохранил «сырой» корень без смягчения и без польского суффикса -евич. Это говорит о том, что фамилию зафиксировали на слух, а не по документам.