Фамилия Виньковская — женская форма от Виньковский, а та, в свою очередь, образована от прозвища Винько. В этой цепочке ключевой элемент — суффикс -ск-, который указывает на географическую или дворянскую модель: такую фамилию мог получить человек, владевший или живший в местечке, названном по прозвищу Винько (сельцо Виньково, усадьба Виньковского). То есть основатель рода был либо помещиком, либо выходцем из такого поселения.

Само прозвище Винько — загадка. Скорее всего, оно связано с глаголом «винуть». В архангельских говорах «винуть» означало «винить, обвинять». Значит, прозвище мог получить либо сварливый человек, который постоянно искал виноватых, либо, наоборот, судебный обвинитель — фигура заметная в местной общине. В пермских говорах тот же глагол имел другое значение: «повеять, дунуть, пахнуть». Если прозвище возникло там, то Винько — человек лёгкий, приятный, от которого веет добром, или, напротив, тот, кто «повеял» чем-то нехорошим.

Таким образом, фамилия Виньковская может указывать на характер основателя рода — от неуживчивого обвинителя до душевного, лёгкого человека. Но не менее вероятно, что она просто закрепилась за жителями конкретной местности, названной по первому поселенцу с таким прозвищем. В документах прозвище Винько со временем вытеснило крестильное имя и стало наследственным, а при оформлении фамилии добавился типичный для шляхты и духовенства суффикс -ский.