Фамилия Виньковский образована по типичной для восточнославянских фамилий модели: к основе добавили суффикс -ск-, который указывает на принадлежность к месту или роду. Однако корень здесь не географический, а личный — прозвище Винько. Это ставит фамилию в ряд тех, что произошли от внутрисемейного или уличного имени, а не от названия деревни.

Прозвище Винько, скорее всего, связано с глаголом «винуть». В архангельских говорах это слово означало «винить, обвинять», а в пермских — «повеять, дунуть, пахнуть». Значения расходятся настолько, что прозвище могло достаться двум совершенно разным типам людей. Первый — сварливый человек, любитель обвинять других, или же профессиональный обвинитель на суде (в тех краях, где слово имело юридический оттенок). Второй — человек лёгкий, от которого веет приятностью, с кем легко и свободно общаться (от «повеять»). Оба варианта правдоподобны, но выбор между ними зависит от того, в какой именно местности жил первый носитель фамилии.

Фамилии на -ский в старину часто закреплялись за шляхтой или духовенством, но Виньковский мог появиться и в крестьянской среде: прозвище Винько со временем стало наследственным, а при оформлении документов к нему добавили «дворянский» суффикс, который к XVIII–XIX векам уже не был сословной привилегией. Полная замена исходного имени прозвищем в официальных бумагах — обычная история: человека знали как Виньку, а в перепись записали уже Виньковским.

Редкость фамилии в том, что корень «винь-» не связан ни с вином, ни с венком, хотя внешнее сходство подталкивает к таким догадкам. Это именно диалектный глагол, и географическая привязка к Северу и Приуралью сужает круг поисков для тех, кто хочет найти родовое гнездо.