Фамилия Винникова — женская форма от Винников, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Винник. Это прозвище было распространено на украинских и южнорусских землях: в основе лежит слово «винник», то есть винокур. Человек с таким прозвищем занимался изготовлением вина, а точнее — перегонкой браги в водку (горілку). На Руси винокурение было делом ходовым, но не всеобщим, так что прозвище чётко выделяло конкретного мастера.

Суффикс -ов в мужской форме Винников указывает на принадлежность: «сын Винника». Винникова — соответственно, «дочь» или «жена» Винникова. Здесь интересна сама модель: фамилия закрепилась не от церковного имени, а от ремесленного прозвища, что типично для казачьих и мещанских родов. В отличие от дворянских фамилий, образованных от географических названий, Винниковы чаще всего были выходцами из среды свободных ремесленников или казаков.

Стоит заметить, что в некоторых говорах «винником» могли называть и торговца вином, а не только производителя. Однако основное значение — именно винокур, владелец или работник винокурни. Фамилия не редкая, но и не массовая: её география — в основном левобережная Украина, Курская и Воронежская губернии, где винокурение было одной из статей дохода.