Фамилия Вишнинский — типичный пример фамилии на -ский, самой распространенной в среде польской и западнорусской шляхты, а также среди духовенства. Её основа — «вишня», и это не случайность: в основе лежит либо название места, либо прозвище, связанное с вишневым садом или деревом.

Вероятнее всего, фамилия образована от названия населенного пункта — Вишня, Вишни, Вишнево. Таких сел и местечек в исторической Польше, Беларуси и Украине десятки: от Подляшья до Волыни. Переселившись в другое место, человек получал прозвище «Вишнинский» — то есть «тот, кто из Вишни». Суффикс -ский в этом случае указывает на территориальную принадлежность, а не на происхождение от отца, как у фамилий на -ов/-ев.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища «Вишня» или «Вишнин». Так могли назвать человека, жившего у вишневого сада, торговавшего вишней или обладавшего яркой внешностью, напоминающей ягоду. В таком случае фамилия Вишнинский — это более поздняя форма, «облагороженная» шляхетским суффиксом, чтобы подчеркнуть статус. Подобные переходы от простого прозвища к фамилии на -ский нередки в истории: крестьянин или мещанин, получая дворянство или переезжая в город, менял фамилию на более «благозвучную».

Стоит отметить, что фамилия Вишнинский могла принадлежать и духовенству. В России и Речи Посполитой священникам часто давали фамилии от названий церквей или икон, но «вишневые» мотивы в этом контексте редки. Скорее, это светская фамилия, и её носители в XIX веке чаще всего были мещанами или однодворцами западных губерний.

Написание с двумя «нн» — «Вишнинский» — типично для фамилий, образованных от прилагательного «вишневый» через форму «вишнин» (сравните: «вишневый» → «вишневка» → «вишнинский»). Встречается и вариант «Вишневский», но он более массовый; Вишнинский — его менее распространенный, но не менее старый родственник.