Фамилия Владыковский — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от распространённых фамилий на -ов, она образована по польско-украинской модели с суффиксом -ский, что указывает на дворянское или шляхетское происхождение её первых носителей, либо на связь с географическим названием. В основе фамилии лежит корень «владык-», который восходит к слову «владыка» — в древнерусском языке это означало «господин», «повелитель», а также «епископ» или «архиерей» (церковный владыка).

Разберем две основные версии. Первая — топонимическая: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Владыково или Владыков. Таких сёл и деревень немало на территории современной Украины, Беларуси и западной России. Человек, переехавший из такого места, получал прозвище «Владыковский» — то есть «выходец из Владыкова». Вторая версия — прозвищная: предок мог быть служителем при церковном владыке (епископе) или, в более широком смысле, человеком, который вёл себя властно, «по-господски». В этом случае суффикс -ский придаёт фамилии оттенок принадлежности: «сын человека, прозванного Владыкой».

Словообразовательная модель Владыковский интересна тем, что она использует двойной суффикс: сначала -ов- (указывает на принадлежность к имени или прозвищу Владык), а затем -ский (типичный для знатных фамилий Речи Посполитой). Это сближает её с такими фамилиями, как Владычин или Владыченко, но добавляет социальный оттенок — носитель фамилии на -ский часто воспринимался как человек более высокого сословия, чем простой крестьянин с фамилией на -ов.

В исторических документах фамилия встречается в основном в западных губерниях Российской империи — на Волыни, в Подолье, в Гродненской губернии. Встречаются и варианты написания: Владыковский, Владыковски, Владыковський (украинизированная форма). В советское время фамилия не была широко распространена, и сегодня её носители живут в России, Украине, Беларуси, а также в странах эмиграции.

Если говорить о значении для современного носителя, то фамилия Владыковский несёт в себе память о социальном статусе или месте жительства предков. Она не относится к числу самых древних русских фамилий (в основном такие на -ский массово закрепились в XVII–XVIII веках), но сохранила редкий и выразительный корень, который сразу вызывает ассоциации с властью и церковной иерархией.