Фамилия Владыковская — довольно редкая и звучная, и её разбор сразу выводит на два возможных пути происхождения. Первый и самый прямой: основа «владыка» — то есть господин, повелитель, а в церковном обиходе — епископ или архиерей. Второй, менее очевидный, но не менее вероятный — топонимический: от названия населённого пункта вроде Владыково, Владыковка или Владыковичи. Таких сёл и деревень на картах бывшей Российской империи десятки, и многие из них названы либо по церковному владыке, либо по владельцу-помещику.

Формант «-ск(ая)» с окончанием женского рода указывает, что перед нами типичная дворянская или шляхетская модель. В старину фамилии на -ский/-цкий носили преимущественно землевладельцы, получившие прозвание по своему имению. Если предок владел деревней Владыково или происходил оттуда, его потомки становились Владыковскими. Однако в XIX веке эта модель распространилась и среди духовенства — семинаристы нередко брали звучные фамилии по названию прихода или по церковному сану. Так что Владыковская могла появиться у сына священника, которого записали «от Владыки» — то есть от епископа или от храма, посвящённого Владыке (Господу).

Слово «владыка» в древнерусском языке имело и светское значение — князь, государь, хозяин. В этом смысле фамилия могла закрепиться за служилым человеком или боярином, получившим прозвище Владыка за властный нрав или высокое положение. Встречаются и однокоренные фамилии — Владыкин, Владыков, Владычнев — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Владыковская стоит особняком именно из-за «дворянского» суффикса, хотя в реальности её носители могли быть и крестьянами, переселившимися из одноимённой деревни.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где окончание -ская встречается чаще, чем в центральной России. Встречается она и в среде польской шляхты, где Вładykowski — вариант с тем же корнем. В любом случае, носительница фамилии Владыковская может с равным правом считать себя потомком либо владельца усадьбы, либо сельского батюшки, либо просто человека, жившего на земле, носившей громкое имя «Владыково». Точнее сказать без генеалогического исследования трудно, но круг возможностей здесь неширок и прозрачен.