Фамилия Владыковская — это женская форма фамилии Владыковский, которая образована по распространённой модели с суффиксом -ск-/-цк-. Такие фамилии типичны для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для русского духовенства. Основа «Владык-» восходит к слову «владыка» — в древнерусском языке так называли господина, повелителя, а в церковной иерархии — архиерея, епископа или митрополита. Таким образом, Владыковский — это либо потомок человека, носившего прозвище Владыка (например, за властный характер или высокое положение), либо выходец из села с названием Владыково или Владыковка. Такие топонимы встречаются в разных регионах: в России, на Украине и в Беларуси, и обычно указывали на владение, принадлежавшее церковному владыке.

Суффикс -ов- в основе добавляет значение принадлежности: Владыков — сын или человек Владыки. Затем к этому прибавился типичный для фамилий знати суффикс -ский, который первоначально указывал на географическое происхождение («из Владыкова»). Поэтому Владыковский — фамилия двусоставная, редкая по словообразовательной модели: она объединяет патронимический (-ов) и топонимический (-ский) элементы. Такое сочетание нечасто встречается в русских фамилиях и говорит о сложной истории её носителей — возможно, о переходе из крестьянского или служилого сословия в дворянское или духовное.

Географически фамилия Владыковский тяготеет к западным и южным регионам бывшей Речи Посполитой. В дореволюционных источниках её носители фиксировались среди православных священников и мелкопоместной шляхты Волынской, Подольской и Киевской губерний. Например, в списках выпускников Киевской духовной академии XIX века встречаются студенты с этой фамилией — что подтверждает её связь с духовным сословием. Вариант написания «Владыковкая» с окончанием -ая — это уже русская адаптация, где -ская перешло в -цкая/-кая под влиянием произношения, но в документах могла сохраняться и польская форма Władykowski.

Споров о происхождении фамилии почти нет: все версии сходятся на слове «владыка». Редкая альтернативная гипотеза — связь с диалектным «владыка» в значении «большой начальник» или даже «царь» — не находит серьёзной поддержки, так как в антропонимии это слово почти всегда означало либо церковный сан, либо прозвище властного человека.