Фамилия Владыкина образована от прозвища Владыка. Слово «владыка» восходит к глаголу «владеть» и в древнерусском языке означало «господин», «повелитель». Однако прозвище Владыка вряд ли давали каждому, кто просто стремился командовать. В крестьянской и посадской среде такое прозвище чаще указывало на человека, который пользовался всеобщим уважением и авторитетом, к чьему слову прислушивались. В некоторых северных и сибирских говорах «владыкой» могли назвать и хозяина дома, большого домовитого мужика.

Фамилия образована по типичной модели: к основе Владык- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Владыкина буквально — «дочь (или жена) Владыки», а в застывшей форме фамилии — «из рода Владыки». Такая модель (суффикс -ин) характерна для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я.

Примечательно, что, в отличие от фамилий с корнем Влад- (Владов, Владычин), которые могли иметь книжное или церковное происхождение (от «владыка» как титула архиерея), фамилия Владыкина почти наверняка бытовая, мирская. Владыкой в народе не называли священника — для этого были другие слова. Поэтому версия о «властном человеке» или «уважаемом старейшине» выглядит убедительнее любой другой.

Географически фамилия Владыкина встречается повсеместно, но заметно чаще — на Русском Севере, в Вятке и на Урале, где мирские прозвища держались дольше, чем в центральных губерниях. Встречается и вариант Владыкин — с тем же значением, но в мужском роде.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются возвести к церковнославянскому «владыка» в значении «епископ», но это маловероятно: фамилии от духовных титулов образовывались иначе (например, Владычин, Владыченский). Прямая связь с глаголом «владеть» — основная и самая надёжная.