Фамилия Водинихин — редкий случай, когда в основе лежит не мужское, а женское прозвище. Сначала появилось именование Водиниха — так называли жену или вдову человека по прозвищу Водиня (или Водиник). А уже от него по модели «чей?» — Водинихин — образовалась фамилия. Такой способ (через «-ихин») встречается нечасто и обычно указывает, что род пошёл от женщины, которая осталась в памяти общины как самостоятельная фигура: хозяйка, вдова или просто яркая личность.

Корень прозвища Водиня (Водиник) уходит в народные представления. Словарь Даля даёт несколько значений слова «воденик»: водяной дух, живущий в омутах; мелкая водянистая сыпь на теле; а также заливной луг или огород у реки. Отсюда три версии происхождения. Первая: прозвище дали человеку, который жил у воды — на поёмном берегу или возле реки. Вторая: его могли так назвать из-за особенности внешности — сыпи, которую в народе называли водяничками. Третья, самая древняя: имя Водиня давали как оберег — считалось, что если назвать человека Водяным, нечистая сила и болезни обойдут его стороной.

Встречается и написание Воденихин — это не ошибка, а диалектный вариант, где «о» перешло в «а» под влиянием акающих говоров. Оба варианта восходят к одному корню и к одним и тем же прозвищам. Фамилия редкая, сосредоточена в основном в центральных и южных областях России, где были сильны традиции прозвищ по месту жительства и по природным объектам.