Фамилия Водиновы — это отчество второго порядка, то есть она образована от личного имени предка через цепочку «имя → отчество → фамилия». В основе лежит нецерковное, мирское имя Вода. На Руси до введения обязательных христианских имён такие имена были обычным делом: ребёнка называли не в честь святого, а по какому-либо признаку, явлению природы или с охранительной целью. Вода — стихия, без которой нет жизни, и назвать так сына могли, чтобы он рос крепким, как сама природа. Существовал и обратный, обережный смысл: считалось, что имя, связанное с водой, отпугнёт злые силы — ведь в фольклоре хозяином вод нередко выступал змей или чудище, и имя как бы «договаривалось» с ними, защищая ребёнка.

Форма Водинов, а не Водов, как можно было бы ожидать от прозвища Вод, — ключевая подсказка. Если бы фамилия произошла от прозвища, обозначающего человека, имеющего отношение к воде (водовоз, водолаз, перевозчик), она скорее приняла бы вид Водов или Водин. Суффикс -ин- в основе Водин- указывает на притяжательное прилагательное: «чей сын?» — Водин, то есть сын человека по имени Вода. А уже от этого отчества (Водин) с помощью патронимического суффикса -ов образовалась фамилия Водинов — «внук Воды».

В словаре В. И. Даля действительно встречается слово «вод» в значении «вожак, проводник», но связывать фамилию Водинов с этим корнем мешает всё та же морфология: от такого прозвища мы бы получили Водов или Водин, но не Водинов. Поэтому версия с мирским именем Вода — основная и наиболее убедительная.

Фамилия Водинов не принадлежит к числу самых распространённых, но встречается в разных регионах России, что говорит о её древнем, общеславянском корне. Точную дату и место возникновения назвать сложно: фамилии на -ов закреплялись в основном в XVI–XVII веках, но сам тип именования (от нецерковного имени) уходит в более глубокую, дописьменную эпоху.