Фамилия Водина образована от мирского имени Вода. В древнерусской традиции такие имена, восходящие к названиям природных явлений и стихий, давали ребёнку как оберег или пожелание. Вода — одна из ключевых стихий в языческих и раннехристианских верованиях восточных славян. Поклонение священным источникам и колодцам связывали с культом святой Параскевы Пятницы, которая считалась покровительницей водной стихии. В фольклоре хозяином земных вод выступал змей, дракон и другие чудища — отсюда и дополнительный охранительный смысл имени: называя ребёнка Водой, ему желали покровительства могущественных сил.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Водина буквально означает «дочь или жена Воды». В русской ономастике такие патронимы (в данном случае метронимические или прямо от мирского имени) типичны для северных и центральных областей России, где форма на -ин конкурировала с более южной формой на -ов.

Есть и вторая, менее вероятная гипотеза: в основе фамилии может лежать прозвище Водь, которое восходит к названию финно-угорского народа водь, проживавшего на территории нынешней Ленинградской области. В этом случае прозвище указывало на национальную принадлежность предка. Однако против этой версии говорит редкость самой фамилии Водина в тех краях — она встречается чаще в центральных и поволжских областях, где контакты с водью были минимальны. Поэтому происхождение от мирского имени Вода остаётся основным и наиболее правдоподобным объяснением.